Die Tatsache, dass ein Großteil der Paracelsischen Textmasse bis heute erhalten blieb, ist dem glücklichen Umstand zu verdanken, dass Johannes Huser frühzeitig eine Gesamtausgabe der nichttheologischen Werke besorgte. Diese erschien 1589 und 1590 in Basel in 10 Bänden. Wegen Verzögerung durch den Drucker kamen die von Huser vorbereiteten chirurgischen Bücher erst nach dessen Tod 1605 in Straßburg heraus. Im Gegensatz zu den meisten anderen Herausgebern hatte Huser die einmalige Gelegenheit, die viele der Autographen Hohenheims einzusehen. Dadurch ist die Substanz seiner Editionen gegenüber den Frühdrucken qualitativ deutlich besser.

An dieser Stelle sollen ausgewählte Werke, die der Huser-Ausgabe entnommen wurden, im Internet zugänglich gemacht werden. Entgegen dem Druck werden wird bis auf Eigennamen die Kleinschreibung gewählt. Die Buchstaben u, v, i und j werden entsprechend ihrem Lautwert gesetzt.